Ce bâtiment remonte au XVIIe siècle et a été construit pour remplacer le monastère de Santa Clara-a-Velha, endommagé à plusieurs reprises par les inondations du Mondego.

La vie des Clarisses était devenue si insoutenable que le roi Dom João IV décida de financer la construction d'un nouveau couvent, construit à haute altitude, à l'abri des inondations. En 1696, le nouveau monastère est achevé et accueille alors les Clarisses, fidèles gardiennes de la dépouille mortelle de la reine Sainte Elisabeth, qui y est enterrée.

Le bâtiment est de style sobre et utilitaire. Dans l'église dédiée à la reine Sainte Elisabeth, un retable baroque a été préparé pour abriter l'urne en argent et cristal, du XVIIe siècle. XVII, pour vénérer le saint patron de la ville de Coimbra. Devant l'urne, sur un piédestal, se trouve l'image de la Reine Santa Isabel, une pièce unique en acajou, sculptée par Teixeira Lopes et offerte à la Confrérie de la Reine Santa Isabel, par la Reine Dona Amélia.

Le premier tombeau du saint patron, créé par Mestre Pero, en 1330, se trouve actuellement dans le chœur inférieur de l'église ; Il s’agit d’une œuvre unique et exemplaire de l’art funéraire gothique.

Le cloître de 1733, réalisé par l'architecte et ingénieur Carlos Mardel, montre déjà la transition vers un nouveau langage artistique : le classicisme.