El “Claustro del Silencio”, de estilo manuelino y diseñado por Marco Pires, fue construido entre 1517 y 1522, sobre el anterior claustro de estilo románico, donde destaca en los techos la simbología manuelina – Cruz de Cristo, la Esfera Armilar, también como el Escudo del Rey D. Manuel I, así como símbolos vegetales. Caminando por este magnífico espacio encontramos la Capilla de Jesús, donde se encuentran las Tumbas de D. Pedro Soares (Obispo de Guarda) y D. Rodrigo de Carvalho (Obispo de Miranda), así como algunas de las imágenes originales de la fachada de la Iglesia. – el resto se encuentran en las demás capillas de este claustro.

En el ala sur se encuentra la tumba del Infante D. Henrique, hijo del rey D. Sancho I (segundo rey de Portugal) y la tumba de D. Miguel Salomão (obispo de Coimbra), encima de esta todavía se encuentra la lápida del Consagración de la Iglesia en 1228.
También destacan los revestimientos de azulejos que recorren las galerías del claustro, de finales del siglo XVIII, cuyos temas proyectan una iconografía religiosa extraída de los Evangelios, retratando las Bienaventuranzas y las Parábolas de la predicación de Cristo.

En el Claustro se encuentran 3 paneles en bajorrelieve, de Nicolau de Chanterene, que representan “El Calvario”, “El Descendimiento de la Cruz” y “Ecce Homo”.
En este magnífico Claustro se encuentran dos fuentes:

En el plano central del claustro se encuentra una bella Fuente que data de 1638 y que sustituyó a las anteriores, con su remate rematado por la figura de San Miguel sosteniendo el Escudo Nacional;

En el ángulo suroeste se encuentra la Fuente de Paio Guterres, que data hacia 1520 (Paio Guterres fue un caballero medieval vinculado a la formación del reino, D. Afonso Henriques y las casas religiosas de San Agustín). Esta fuente sirvió de refectorio mandado construir por D. Manuel I, y estaba llena de significado simbólico.

​Como podemos ver, este gran claustro fue, a lo largo de los siglos, readaptado a las circunstancias y necesidades de estrategias culturales e incluso políticas, sin embargo, el Claustro del Silencio, que vemos hoy, conserva toda su belleza y magnificencia.