Le « Claustro du Silence », de style manuélin et conçu par Marco Pires, a été construit entre 1517 et 1522, sur l'ancien cloître de style roman, où se détachent sur les plafonds le symbolisme manuélin – la Croix du Christ, la Sphère Armillaire, ainsi que comme les armoiries du roi D. Manuel Ier, ainsi que des symboles végétaux. En parcourant ce magnifique espace, nous trouvons la chapelle de Jésus, où se trouvent les tombeaux de D. Pedro Soares (évêque de Guarda) et D. Rodrigo de Carvalho (évêque de Miranda), ainsi que certaines des images originales de la façade de l'église. – le reste se retrouve dans les autres chapelles de ce cloître.

Dans l'aile sud se trouve le tombeau de l'infant D. Henrique, fils du roi D. Sancho I (deuxième roi du Portugal) et le tombeau de D. Miguel Salomão (évêque de Coimbra), au-dessus se trouve encore la pierre tombale du consécration de l'Église en 1228.
A noter également les lambris qui parcourent les galeries du cloître et datent de la fin du XVIIIe siècle : les thèmes qui les mettent en scène projettent une iconographie religieuse tirée de l'Évangile, représentant les Béatitudes et les Paraboles de la prédication du Christ.

Dans le Cloître se trouvent 3 panneaux en bas-relief, de Nicolau de Chanterene, représentant « Le Calvaire », « La Descente de Croix » et « Ecce Homo ».
Dans ce magnifique Cloître il y a deux fontaines :

Dans le plan central du cloître, se trouve une belle fontaine datant de 1638 et qui a remplacé les précédentes, avec son sommet surmonté de la figure de Saint Michel tenant le Bouclier National ;

Dans l'angle sud-ouest se trouve la fontaine Paio Guterres, datant d'environ 1520 (Paio Guterres était un chevalier médiéval lié à la formation du royaume, de D. Afonso Henriques et des maisons religieuses de Saint Augustin). Cette fontaine servait au réfectoire dont la construction avait été ordonnée par D. Manuel Ier et était pleine de signification symbolique.

​Comme nous pouvons le constater, ce grand cloître a été, au fil des siècles, réadapté aux circonstances et aux besoins des stratégies culturelles et même politiques, mais le Cloître du Silence, que nous voyons aujourd'hui, conserve toute sa beauté et sa magnificence.