Il “Claustro del Silenzio”, in stile manuelino e progettato da Marco Pires, fu costruito tra il 1517 e il 1522, sopra il precedente chiostro in stile romanico, dove sui soffitti risalta la simbologia manuelina – Croce di Cristo, Sfera armillare, come lo stemma del re D. Manuel I, così come i simboli vegetali. Attraversando questo magnifico spazio troviamo la cappella di Gesù, dove si trovano le tombe di D. Pedro Soares (vescovo di Guarda) e D. Rodrigo de Carvalho (vescovo di Miranda), così come alcune delle immagini originali della facciata della chiesa – il resto si trova nelle altre cappelle di questo chiostro.

Nell'ala sud si trova la tomba dell'Infante D. Henrique, figlio del re D. Sancho I (secondo re del Portogallo) e la tomba di D. Miguel Salomão (vescovo di Coimbra), sopra questa c'è ancora la lapide del consacrazione della Chiesa nel 1228.
Notevoli anche le pannellature in maiolica che percorrono le gallerie del chiostro risalenti alla fine del XVIII secolo: i temi che le caratterizzano ripropongono un'iconografia religiosa tratta dai Vangeli, raffiguranti le Beatitudini e le Parabole della predicazione di Cristo.

Nel Chiostro si trovano 3 pannelli in bassorilievo, di Nicolau de Chanterene, rappresentanti “Il Calvario”, “La Deposizione dalla Croce” e “Ecce Homo”.
In questo magnifico Chiostro ci sono due fontane:

Nel piano centrale del chiostro si trova una bella Fontana che risale al 1638 e che sostituì le precedenti, con la sommità sormontata dalla figura di San Michele che regge lo Scudo Nazionale;

Nell'angolo sud-ovest si trova la Fontana di Paio Guterres, risalente al 1520 circa (Paio Guterres era un cavaliere medievale legato alla formazione del regno, D. Afonso Henriques e le case religiose di Sant'Agostino). Questa fontana serviva al refettorio fatto costruire da D. Manuel I, ed era carica di significato simbolico.

​Come possiamo vedere, questo grande chiostro è stato, nel corso dei secoli, riadattato alle circostanze e alle esigenze delle strategie culturali e anche politiche, eppure il Chiostro del Silenzio, che vediamo oggi, conserva tutta la sua bellezza e magnificenza.