O claustro foi a última parte do mosteiro a ser completada. 

Construído no século XVIII, é considerado o maior claustro barroco maneirista em Portugal.

Este claustro resulta da combinação de três estilos arquitetónicos distintos, de acordo com os diferentes arquitetos envolvidos, sendo eles Manuel do Couto, Custódio Vieira e Carlos Mardel.

Classificado como monumento nacional em 1910, é um espaço de grandes dimensões, de plano quadrangular, com dois pisos. O piso inferior possui quatro ângulos, cada um com uma pequena fonte, simbolizando os quatro rios do paraíso.

No centro, encontra-se uma escultura da Nossa Senhora da Conceição, trazida do terreiro exterior. Nossa Senhora da Conceição era uma pessoa de particular devoção por parte da Ordem dos Frades Menores, fundada por São Francisco de Assis.