Neste local situa-se o coro baixo. 

Normalmente, os coros baixos de igrejas conventuais femininas tendem a ser muito mais ornamentados do que as próprias igrejas, no entanto este local é uma clara exceção. 

Inicialmente, o coro baixo era utilizado para as clarissas assistirem a missas, deste local diretamente para a igreja, sendo portanto um lugar sagrado e de oração. 

Logo na entrada, num retábulo, encontra-se uma imagem da Rainha. 

É aqui, neste local, que se encontra o Túmulo da Rainha Santa, todo elaborado com pedra de ançã, pelo Mestre Pêro, entre os anos de 1326 e 1328, evidenciando o estilo gótico tumular da época.

Eis a Rainha num contexto paradoxal - coroada e rodeada da heráldica que a torna única: os escudos de Infanta de Aragão, as cinco quinas de rainha de Portugal e as águias do império alemão, herdadas da sua mãe; por outro lado, surge vestida com o hábito religioso de clarissa da Ordem Terceira de São Francisco, em sinal de humildade e reconhecimento. A rainha segura um bordão de peregrina e uma bolsa, oferecidos pelo arcebispo de Compostela. Na bolsa possui uma vieira, símbolo máximo da peregrinação a Santiago de Compostela.

De frente para o túmulo, pode avistar-se nele um leão e um touro, em representação dos evangelistas Marcos e Lucas, e no centro Santa Clara de Assis, Santa Catarina de Alexandria e Santa Isabel da Hungria, tia-avó da Rainha Santa Isabel. O túmulo é todo original, exceto a sua pintura, elaborada posteriormente por uma Clarissa que habitou no mosteiro. 

Do lado esquerdo, surgem as próprias clarissas com os respectivos hábitos e missais, acompanhadas pelo Bispo S. Luís de Tolosa e pelo Monge S. Francisco de Assis, fundador da Ordem dos Frades Menores, mais conhecidos como Franciscanos.

Do lado direito, a rainha escolheu a intercessão dos Apóstolos e da sua família Franciscana para a acompanharem na eternidade.

Ainda no Coro Baixo, do lado direito encontram-se sepultadas as clarissas que habitavam no mosteiro, entre o século XVII e XVIII, comprovando o quão sagrado era o coro baixo para as próprias clarissas.

Ao fundo, na parede surgem retábulos cuja data de criação é incerta, no entanto com estilos de arte totalmente diferentes, situados entre o séc. XV e XVI.

Também este local alberga um  órgão de tubos da autoria de Teodósio Hemberg, mestre organeiro alemão.

É possível que neste local também existam exposições temporárias com o acervo existente no mosteiro.