A fundação do Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra insere-se num movimento de renovação religiosa que nos finais do século XI e princípios do século XII, na Europa, pretendia um retorno às fontes do Evangelho, tendo como modelo a Igreja primitiva e a vida e exemplo dos Apóstolos.

No dia 28 de junho de 1131, foi benzida a primeira pedra do Mosteiro, construído em terrenos cedidos por D. Afonso Henriques, num local a que então chamavam Banhos Reais.

Os mentores da sua fundação o Arcediago D. Telo, o Mestre de Escola D. João Peculiar e São Teotónio (primeiro Santo de Portugal). 

Em fevereiro de 1132, contando já com 72 Clérigos de Cónegos Regrantes da Ordem de Santo Agostinho, foram feitos os votos solenes e foi eleito o Primeiro Prior desta comunidade religiosa, São Teotónio. Nesta celebração esteve presente D. Afonso Henriques, os nobres e o povo.

O Mosteiro de Santa Cruz teve, no decorrer da história, ação deveras notável. Através dele, em tempos de reconquista cristã, foi possível missionar os povos das terras recém conquistadas, contribuindo para sua fixação e ainda proporcionando os socorros espirituais e temporais de que careciam as populações naqueles tempos atribulados.

No plano da cultura, do seu Mosteiro, destacou-se o Santo mais popular de todo o mundo: Santo António (1195 - 1231), que vindo de Lisboa, fez em Santa Cruz sua formação espiritual e intelectual, antes de se ter tornado Franciscano, mudando-se para o Convento da Ordem dos Frades Menores nos Olivais, também em Coimbra.

No tempo dos frades, e a partir da segunda metade do século XVI, a paroquialidade de Santa Cruz era exercida na Igreja de S. João das Donas (também conhecido por Igreja de S. João de Santa Cruz), espaço, transformado em 1919 em café-restaurante - o Café Santa Cruz.