C'est à cet endroit que se trouve le chœur inférieur

En règle générale les chœurs bas des églises conventuelles pour femmes ont tendance à être beaucoup plus ornés que les églises elles-mêmes mais ce site constitue une exception claire

Juste à l'entrée sur un retable se trouve une sculpture en Roca représentant la Reine Pèlerine

C'est ici à cet endroit que se trouve le Tombeau de la Sainte Reine entièrement réalisé en pierre d'ançã par Maître Pêro entre les années 1326 et 1328 témoignant du style funéraire gothique de l'époque

Voici la Reine dans un contexte paradoxal couronnée et entourée de l'héraldique qui la rend unique les écus de l'Infante d'Aragon les cinq coins de la reine du Portugal et les aigles du Saint-Empire romain germanique hérités de sa mère d'autre part elle apparaît vêtue de l'habit de Clarisse en expression du deuil qu'elle avait accompli et en signe de respect et d'humilité envers la mémoire du roi Don Dinis La reine tient un bâton de pèlerin et un sac offerts par l'archevêque de Compostelle Dans le sac se trouve une coquille Saint-Jacques symbole par excellence du pèlerinage à Saint-Jacques-de-Compostelle

Face au tombeau on peut voir un lion et un taureau représentant les évangélistes Marc et Luc et au centre sainte Claire d'Assise sainte Catherine d'Alexandrie et sainte Élisabeth de Hongrie grande-tante de la reine sainte Élisabeth Le tombeau est entièrement original à l'exception de sa peinture réalisée plus tard par une Clarisse qui vivait dans le monastère

Sur le côté gauche les Clarisses elles-mêmes apparaissent avec leurs habits et missels respectifs accompagnées de l'évêque saint Louis de Toulouse et du moine saint François d'Assise fondateur de l'Ordre des Frères Mineurs plus connus sous le nom de Franciscains

Sur le côté droit la reine a choisi l'intercession des Apôtres pour l'accompagner dans l'éternité

Toujours dans le chœur inférieur sur le côté droit sont enterrées les Clarisses dames très importantes de la société civile portugaise qui ont rejoint cet ordre religieux Certaines pierres tombales proviennent de Santa Clara-a-Velha

Au fond sur le mur se trouvent des retables dont la date de création est incertaine mais avec des styles artistiques totalement différents situés entre les XVe et XVIe siècles

Ce lieu abrite également un orgue construit au XVIIe siècle par le moine Don Manuel Benito Gomez