El claustro fue la última parte del monasterio en completarse.

Considerado el mayor claustro barroco del siglo XVII es fruto de la combinación de tres estilos arquitectónicos distintos, según los diferentes arquitectos implicados, concretamente Manuel do Couto Custódio Vieira y Carlos Mardel.

 Clasificado como monumento nacional en 1910 es un gran espacio de planta cuadrangular con dos pisos La planta baja tiene cuatro esquinas cada una con una pequeña fuente.

 En el piso superior sobre las fuentes hay emblemas alusivos a la Reina.

 En el centro hay una escultura de Nuestra Señora de la Concepción traída del patio exterior Nuestra Señora de la Concepción fue persona de particular devoción por parte de la Orden de los Hermanos Menores fundada por San Francisco de Asís.