O claustro foi a última parte do mosteiro a ser completada

Considerado o maior claustro barroco no século XVII resulta da combinação de três estilos arquitectónicos distintos de acordo com os diferentes arquitetos envolvidos sendo eles Manuel do Couto Custódio Vieira e Carlos Mardel

Classificado como monumento nacional em 1910 é um espaço de grandes dimensões de plano quadrangular com dois pisos O piso inferior possui quatro ângulos cada um com uma pequena fonte

No piso superior sobre as fontes encontram-se emblemas alusivos à Rainha

No centro encontra-se uma escultura da Nossa Senhora da Conceição trazida do terreiro exterior Nossa Senhora da Conceição era uma pessoa de particular devoção por parte da Ordem dos Frades Menores fundada por São Francisco de Assis