Le cloître fut la dernière partie du monastère à être achevée

Considéré comme le plus grand cloître baroque du XVIIe siècle il est le résultat de la combinaison de trois styles architecturaux distincts selon les différents architectes impliqués à savoir Manuel do Couto Custódio Vieira et Carlos Mardel

Classé monument national en 1910 c'est un grand espace de plan quadrangulaire à deux étages L'étage inférieur comporte quatre coins chacun doté d'une petite fontaine

À l'étage supérieur au-dessus des fontaines se trouvent des emblèmes faisant allusion à la Reine

Au centre se trouve une sculpture de Notre-Dame de la Conception apportée de la cour extérieure Notre-Dame de la Conception était une personne de dévotion particulière de la part de l'Ordre des Frères Mineurs fondé par Saint François d'Assise