En este lugar se ubica el coro bajo. Por lo general los coros bajos de las iglesias de conventos femeninos suelen ser mucho más ornamentados que las propias iglesias sin embargo este sitio es una clara excepción. Justo a la entrada sobre un retablo hay una escultura en Roca que representa a la Reina Peregrina.

Es aquí en este lugar donde se encuentra el Sepulcro de la Santa Reina realizado íntegramente en piedra de ançã por el Maestro Pêro entre los años de 1326 y 1328 evidenciando el estilo sepulcral gótico de la época.

Aquí está la Reina en un contexto paradójico coronada y rodeada de la heráldica que la hace única los escudos de la Infanta de Aragón las cinco quinas de la Reina de Portugal y las águilas del Sacro Imperio Romano Germánico heredadas de su madre Por otra parte aparece vestida con el hábito de una Clarisa como expresión del luto cumplido y en señal de respeto y humildad hacia la memoria del rey Don Dinis La reina sostiene un bastón de peregrino y una bolsa ofrecidos por el arzobispo de Compostela En la bolsa hay una vieira símbolo por excelencia de la peregrinación a Santiago de Compostela.

 Frente al sepulcro se pueden ver un león y un toro que representan a los evangelistas Marcos y Lucas y en el centro Santa Clara de Asís Santa Catalina de Alejandría y Santa Isabel de Hungría tía abuela de la reina Santa Isabel El sepulcro es íntegramente original salvo la pintura realizada posteriormente por una clarisa que vivía en el monasterio.

 En el lado izquierdo aparecen las propias Clarisas con sus respectivos hábitos y misales acompañadas por el obispo San Luis de Toulouse y el monje San Francisco de Asís fundador de la Orden de los Hermanos Menores más conocidos como Franciscanos.

En el lado derecho la reina eligió la intercesión de los Apóstoles para acompañarla en la eternidad 

Todavía en el Coro Bajo en el lado derecho están enterradas las Clarisas damas muy importantes en la sociedad civil portuguesa que ingresaron en esta Orden Religiosa Algunas lápidas proceden de Santa Clara-a-Velha.

Al fondo en la pared se encuentran retablos cuya fecha de creación es incierta pero con estilos artísticos totalmente diferentes situados entre los siglos XV y XVI.

 En este lugar también se encuentra un órgano construido en el siglo XVII por el monje Don Manuel Benito Gómez.