Este edificio data del siglo XVII y fue construido para reemplazar el Monasterio de Santa Clara-a-Velha, que fue dañado repetidamente por las inundaciones del Mondego.

La vida de las Clarisas se había vuelto tan insostenible que el rey Don João IV decidió patrocinar la construcción de un nuevo convento, construido a gran altura, a salvo de las inundaciones. En 1696, se terminó el nuevo monasterio y luego recibió a las Clarisas, fieles custodias de los restos mortales de la reina Santa Isabel, quien allí se encuentra sepultada.

El edificio es de estilo sobrio y utilitario. En la iglesia, dedicada a la reina Santa Isabel, se dispuso un retablo barroco para albergar la urna de plata y cristal, del siglo XVII. XVII, para venerar al santo patrón de la ciudad de Coimbra. Frente a la urna, sobre un pedestal, se encuentra la imagen de la Reina Santa Isabel, pieza única en caoba, tallada por Teixeira Lopes y ofrecida a la Cofradía de la Reina Santa Isabel, por la Reina Doña Amélia.

El primer sepulcro del santo patrón, realizado por Mestre Pero, en 1330, se encuentra actualmente en el coro bajo de la iglesia; Es una obra única y ejemplar del arte funerario gótico.
El claustro de 1733, obra del arquitecto e ingeniero Carlos Mardel, ya muestra la transición a un nuevo lenguaje artístico: el clasicismo.