La primera piedra de la iglesia de Santa Clara-a-Nova fue colocada durante el reinado de Don João cuarto El plan original fue atribuido al monje benedictino Frei João Turriano ingeniero jefe del Reino inspirándose en la obra del arquitecto renacentista Palladio para superar los desafíos impuestos por el terreno irregular Las figuras que más destacan en el desarrollo de la obra son Turriano Domingos de Freitas Pedro Freitas y Mateus do Couto.

La puerta de acceso a la Iglesia en sus laterales resalta el estilo de las iglesias de conventos femeninos.

Ricamente decorado el interior de la iglesia destaca por sus tallas y columnas doradas 

Su espacio alberga 16 retablos divididos en dos temáticas diferenciadas el litúrgico que evoca momentos de la vida de Jesus cristo y los demás que evocan momentos vinculados a los Santos de la I y segunda Regla de Santa Clara En la creación de este retablo destacan Antonio Gomes Domingos Nunes y Domingos Lopes.

En el centro de la iglesia frente al Altar Mayor se puede admirar la magnífica vidriera con la Reina Santa Isabel en el centro acompañada a la derecha de su escudo de armas y a la izquierda del escudo de la ciudad de Coimbra regalo de la comunidad de devotos de la Reina Santa Isabel del Estado de California.

Al fondo a la derecha se encuentra el sepulcro de la nieta de la Santa Reina la Infanta Doña Isabel fallecida con tan solo dos años de edad Junto a su tumba está escrito “Hija del futuro rey Afonso cuarto” obra de Mestre Pêro y uno de los primeros ejemplos del estilo gótico en la ciudad.

A la izquierda en un sepulcro del siglo XV se encuentra una de las hijas de la Primera Duquesa de la ciudad de Coimbra también llamada Isabel de Aragão de Urgel Se cree que este sepulcro fue realizado para Doña Isabel de Urgel e Aragão que pasó por el monasterio esposa del Infante Dom Pedro hijo de Dom João Primero Una particularidad de esta tumba es que ya ha sido abierta Otro detalle sobre la Duquesa es que tiene otra tumba en el Monasterio de Batalha.

Frente a la iglesia en el altar mayor ricamente decorado con talla dorada cabe destacar que el cuerpo principal de estilo nacional representa una imagen de Doña Isabel realizada íntegramente en madera de caoba obra del escultor Teixeira Lopes regalo de la reina Doña María Amélia a la Cofradía la imagen que antiguamente se llevaba en procesiones.

 Ocupando el lugar central de la capilla mayor se encuentra el sepulcro de la Reina realizado en el siglo XVII enteramente de plata y cristal resplandeciente rodeado en el lado izquierdo por una imagen de San Francisco de Asís y en el lado derecho por una de Santa Clara de Asís.