La première pierre de l'église de Santa Clara-a-Nova a été posée sous le règne de Don João IV Le plan original a été attribué au moine bénédictin Frei João Turriano ingénieur en chef du Royaume inspiré par l'œuvre de l'architecte de la Renaissance Palladio pour surmonter les défis imposés par le terrain accidenté Les figures qui ressortent le plus dans le déroulement de l'œuvre sont Turriano Domingos de Freitas Pedro Freitas et Mateus do Couto

La porte d'entrée de l'église sur ses côtés souligne le style des églises des couvents féminins

Richement décoré l'intérieur de l'église se distingue par ses sculptures et ses colonnes dorées

Son espace abrite 16 retables ivisés en deux thèmes distincts le liturgique qui évoque des moments de la vie de Jésus-Christ et les autres qui évoquent des moments liés aux saints de la 1ère et 2ème Règle de Sainte Claire Dans la création de ce retable se distinguent Antonio Gomes Domingos Nunes et Domingos Lopes

Au milieu de l'église face au maître-autel vous pourrez admirer le magnifique vitrail avec la reine Sainte Isabelle au centre accompagnée à droite de ses armoiries et à gauche des armoiries de la ville de Coimbra un cadeau de la communauté des dévots de la reine Sainte Isabelle de l'État de Californie

Au fond, à droite se trouve le tombeau de la petite-fille de la Sainte Reine l'infante Madamme Isabel décédée à seulement deux ans À côté de sa tombe est écrit « Fille du futur roi Alphonse IV » œuvre de Mestre Pêro et l'un des premiers exemples du style gothique dans la ville

À gauche dans une tombe du XVe siècle se trouve l'une des filles de la première duchesse de la ville de Coimbra également appelée Isabel de Aragão de Urgel On pense que ce tombeau a été réalisé pour Madamme Isabel de Urgel e Aragão qui est passée par le monastère épouse de l'infant Dom Pedro fils de Dom João Prémier Une particularité de ce tombeau est qu’il a déjà été ouvert Un autre détail concernant la duchesse est qu'elle a une autre tombe dans le monastère de Batalha

Face à l'église sur l'autel principal richement décoré de sculptures dorées il convient de noter que la partie principale de style national représente une image de Madamme Isabel entièrement réalisée en bois d'acajou par le sculpteur Teixeira Lopes cadeau de la reine Maria Amélia à la Confrérie l'image qui était autrefois portée lors des processions

Occupant la place centrale de la chapelle principale se trouve le tombeau de la reine réalisé au XVIIe siècle entièrement en argent et cristal étincelant entouré sur le côté gauche d'une image de Saint François d'Assise et sur le côté droit d'une image de Sainte Claire d'Assise