A primeira pedra da igreja de Santa Clara-a-Nova foi lançada durante o reinado de Dom João IV A planta original foi atribuída ao monge beneditino Frei João Turriano engenheiro-mor do Reino inspirado na obra do arquiteto renascentista Palladio para superar os desafios impostos pelo terreno irregular As figuras que mais se destacaram no desenrolar da obra foram: Turriano Domingos de Freitas Pedro Freitas e Mateus do Couto

A porta de entrada para a Igreja nas suas laterais evidencia o estilo das igrejas de conventos femininos

Ricamente ornamentado o interior da igreja destaca-se pela talha dourada e pelas suas colunas

No seu espaço alberga 16 retábulos divididos em dois temas distintos o litúrgico que evoca momentos da vida de Jesus Cristo e os restantes que evocam momentos ligados aos Santos da 1ª e 2ª Regra de Santa Clara Na elaboração desta retabulária destacam-se António Gomes Domingos Nunes e Domingos Lopes

No meio da igreja de frente para o Altar Mor é possível admirar o magnífico vitral com a Rainha Santa Isabel ao centro acompanhada à direita com o seu brasão e à esquerda com o brasão da cidade de Coimbra uma oferta da comunidade de devotos da Rainha Santa Isabel do Estado da Califórnia

Ao fundo à direita encontra-se o túmulo da neta da Rainha Santa Infanta Dona Isabel falecida com apenas dois anos Junto ao seu túmulo encontra-se escrito “Filha do Futuro Rei Afonso IV” uma obra do Mestre Pêro e um dos primeiros exemplares do estilo gótico na cidade

À esquerda num túmulo do século XV encontra-se uma das filhas da Primeira Duquesa da cidade de Coimbra também chamada de Isabel de Aragão de Urgel Acredita-se que este túmulo foi mandado fazer para Dona Isabel de Urgel e Aragão que terá passado pelo mosteiro mulher do Infante Dom Pedro filho de Dom João Primeiro Uma particularidade deste túmulo é já ter sido aberto Um outro detalhe sobre a Duquesa é que a mesma possui uma outra sepultura no Mosteiro da Batalha

De frente para a igreja no altar-mor ricamente ornamentado com talha dourada é de salientar que o retalho principal ao estilo nacional retrata uma imagem de Dona Isabel totalmente feita em madeira de Mogno do escultor Teixeira Lopes oferta da rainha Dona Maria Amélia à Confraria a imagem que antigamente ia nas procissões

Ocupando o lugar central da capela mor encontra-se o túmulo da Rainha feito no século XVII totalmente de prata e cristal cintilante rodeado do lado esquerdo por uma imagem de São Francisco de Assis e do lado direito por uma de Santa Clara de Assis