En el Museo de Arte Sacro se conservan unas piezas muy valiosas que forman parte del tesoro del Monasterio de Santa Cruz. Destacan la Casulla que perteneció a los Mártires de Marruecos, en tejido de origen árabe, que data del siglo XIII, y también algunas vestimentas, del siglo XVIII, bordadas con hilo de oro, así como algunos utensilios litúrgicos.

En la llamada Capilla del Tesoro destaca el Busto Relicario de Plata (fechado en 1610), que contiene la calavera de San Teotónio (visible a través del cristal del “cofre”), uno de los fundadores del Monasterio y su primer prior y primer Santo portugués (fue canonizado en 1163, un año después de su muerte).

Este relicario está flanqueado por dos bustos relicario de menor tamaño, también en plata (fechados en 1510) con las reliquias de los Mártires de Marruecos.