La sacristía data de 1622 y es de arquitectura manierista, diseñada por Pedro Tinoco. La Sacristía del Monasterio de Santa Cruz es quizás la más grande de Portugal. La enorme ventana de arriba aporta una luminosidad extraordinaria, al igual que las extraordinarias cajas octogonales que llenan el techo abovedado y el suelo de piedra de dos tonos.

Aquí se puede ver el cofre de madera exótica de Brasil y decorado con marfil, que data del siglo XVII, y también el armario de amurio, emplazado en la pared este, que porta la emblemática Cruz sostenida por dos ángeles, y donde se encuentran Aún se encontraron algunas placas de marfil que identifican los nombres de algunos de los últimos usuarios de Crúzios (nombre con el que se conocía a los frailes del monasterio).

En las paredes revestidas con azulejos del siglo XVII se encuentran pinturas sobre tabla de principios del siglo XVI: "O Pentecostés" de Grão Vasco, "Ecce Homo" y "O Calvário", la Virgen y las "Santas Mujeres" de Cristóvão de Figueiredo, dos de los mejores pintores del siglo XVI. También es magnífico "El Descendimiento de la Cruz", una pintura del siglo XVIII atribuida a André Gonçalves. También hay pinturas de García Fernandes.

También se encuentran grandes esculturas de madera del siglo XVII: la Crucifixión con Cristo, la Virgen y San Juan, y también Santa Gúdula y Santa Gertrudis, dos santas de la Orden de los Agustinos.

En el lado este de la sacristía se encuentra el lavabo abovedado cubierto de azulejos del siglo XVII.