A sacrestia risale al 1622 ed è di architettura manierista, progettata da Pedro Tinoco. La Sacrestia del Monastero di Santa Cruz è forse la più grande del Portogallo. L'enorme finestra in alto conferisce una straordinaria luminosità, così come le straordinarie scatole ottagonali che riempiono il soffitto a volta e il pavimento in pietra bicolore.

Qui si possono vedere la cassapanca in legno esotico proveniente dal Brasile e decorata con avorio, risalente al XVII secolo, e anche l'armadio amurio, incastonato nella parete est, che reca l'emblematica Croce sorretta da due angeli, e dove si trovano ancora alcune tavole in avorio che identificano i nomi di alcuni degli ultimi utenti Crúzios (il nome con cui erano conosciuti i frati del monastero).

Sulle pareti rivestite di piastrelle del XVII secolo, si trovano dipinti su tavola dell'inizio del XVI secolo: "O Pentecoste" di Grão Vasco, "Ecce Homo" e "O Calvário", la Vergine e le "Sante Donne" di Cristóvão de Figueiredo, due dei migliori pittori del XVI secolo. Magnifico anche "La discesa dalla croce", dipinto del XVIII secolo attribuito ad André Gonçalves. Ci sono anche dipinti di Garcia Fernandes.

Ci sono anche grandi sculture lignee del XVII secolo: la Crocifissione con Cristo, la Vergine e San Giovanni, e anche Santa Gudula e Santa Gertrude, due sante dell'Ordine agostiniano.

Sul lato est della sacrestia si trova il lavabo a volta rivestito di piastrelle del XVII secolo.