A sacristia datada de 1622 é de arquitetura maneirista com projeto de Pedro Tinoco, sendo possivelmente a maior Sacristia de Portugal. A enorme janela do topo dá-lhe uma luminosidade extraordinária, destaque ainda para os extraordinários caixotões octogonais que preenchem a abóbada do teto e para o pavimento em pedra de duas cores.

Do riquíssimo espólio fazem ainda parte outros importantes objetos como o valioso Espelho com moldura do século XVIII e as enormes imagens de madeira junto à Cruz: a Nossa Senhora e S. João Evangelista, e do lado oposto, a de Santa Gúdula e Santa Gertrudes, todas do século XVIII.

Neste local podemos ver o arcaz em madeira exótica oriunda do Brasil e decorado a de marfim, datado do século XVII, e ainda o armário-amituário, encaixado na parede nascente, que ostenta a emblemática Cruz segura por dois anjos, e onde ainda se encontram algumas tabelas de marfim que identificam o nome de alguns dos seus últimos utilizadores Crúzios (nome por que eram conhecidos os frades do mosteiro).

​Nas paredes revestidas a azulejos do século XVII, encontramos pinturas em madeira do início do século XVI – nomeadamente “O Pentecostes” de Grão Vasco, o “Ecce Homo” e “O Calvário”, "A Virgem" e as “Santas Mulheres” de Cristóvão de Figueiredo, dois dos melhores pintores quinhentistas.

 Magnífica é igualmente “A Descida da Cruz”, pintura do século XVIII, atribuída a André Gonçalves. Há ainda a destacar neste espaço pinturas de Garcia Fernandes.

 Há também grandes esculturas de madeira datadas do século XVII - a Crucifixão com Cristo, a Virgem e S. João, e ainda Santa Gudula e Santa Gertrudes.

​Do lado este da sacristia, encontra-se a casa abobadada do lavabo revestida a azulejaria do século XVII.