La salle capitulaire de style manuélin, construite par Diogo Boitaca (1507-1513), était le lieu où les frères se réunissaient en assemblée pour prendre les décisions clés de la vie conventuelle. Les carreaux qui décorent la pièce datent également du XVIe siècle.

À la tête de la salle capitulaire se trouve la belle chapelle de São Teotónio, d'architecture maniériste, conçue par Tomé Velho (datant d'environ 1588), surmontée d'un grand arc et construite pour recevoir le tombeau de São Teotónio. Dans cet espace se trouvent des images de Saint Teotónio et des 4 évangélistes (Saint Matthieu, Saint Marc, Saint Jean et Saint Luc). La chapelle fonctionne, en réalité, comme une sorte de chapelle principale de la salle capitulaire, « sacralisant » les deux espaces séparés, néanmoins unis par le grand arc de triomphe, construit au XVIIe siècle.

Il y a aussi deux autres tombes dans cette chapelle, celle de D. Telo (un des fondateurs du monastère décédé en 1136 et transféré à cet endroit en 1630) et celle de D. João Teotónio (deuxième Prieur du monastère, qui mort en 1181, et qui était le neveu de S. Teotónio, il fut également transféré dans cette chapelle en 1630). Il est encore possible de voir les bancs avec leurs dossiers respectifs, où les frères s'asseyaient pour discuter et prendre des décisions importantes. Les peintures que nous trouvons ici et qui ornent la salle sont celles des frères augustins.

Dans cette salle, comme ailleurs dans le monastère, un accord formel se crée également entre le toit et le pavé, communiquant une sorte d'harmonie cosmique entre le ciel et la terre.