La Sala Capitolare in stile manuelino, costruita da Diogo Boitaca (1507-1513) era il luogo in cui i frati si riunivano in assemblea per prendere le decisioni chiave della vita conventuale. Anche le piastrelle che decorano la stanza sono del XVI secolo.

Dirigendo la Sala Capitolare si trova la bellissima cappella di São Teotónio, architettura manierista, progettata da Tomé Velho (risalente al 1588 circa), sormontata da un grande arco, e fu costruita per accogliere la Tomba di São Teotónio. In questo spazio sono presenti le immagini di San Teotónio e dei 4 evangelisti (San Matteo, San Marco, San Giovanni e San Luca). La cappella funziona, in realtà, come una sorta di cappella maggiore della Sala Capitolare, “sacralizzando” i due spazi separati, tuttavia uniti dal grande arco trionfale, realizzato nel XVII secolo.

In questa cappella si trovano anche altre due tombe, quella di D. Telo (uno dei fondatori del monastero, morto nel 1136 e trasferito in questo luogo nel 1630) e quella di D. João Teotónio (secondo priore del monastero, che morì nel 1181, e che era nipote di S. Teotónio, fu trasferito anch'egli in questa cappella nel 1630). Sono ancora visibili i banchi con i rispettivi schienali, dove i frati sedevano per discutere e prendere decisioni importanti. I dipinti che troviamo qui e che adornano la stanza sono dei frati Agostiniani.

Anche in questa Sala, come in altri luoghi del monastero, si crea un accordo formale tra il tetto e la lastra della pavimentazione, comunicando una sorta di armonia cosmica tra cielo e terra.