A Sala do Capítulo do estilo manuelino, construída por Diogo Boitaca (1507-1513) era o local onde os frades se reuniam em assembleia para tomarem as decisões-chave da vida conventual. Os azulejos que decoram a Sala são também do século XVI.

A encabeçar a Sala do Capítulo encontra-se a belíssima capela de São Teotónio, arquitetura maneirista, da autoria de Tomé Velho (datada de cerca de 1588), rematada por um grande arco, e foi construída para receber o Túmulo de São Teotónio. Neste espaço encontram-se as imagens de São Teotónio e dos 4 evangelistas (São Mateus, São Marcos, São João e São Lucas). A capela funciona, na realidade, como uma espécie de capela-mor da Sala do Capítulo, “sacralizando” os dois espaços separados, todavia unidos pelo grande arco triunfal, construído já no século XVII.

Há ainda nesta Capela mais dois túmulos, o de D. Telo (um dos fundadores do mosteiro que faleceu em 1136 e transferido para este local em 1630) e ainda de D. João Teotónio (segundo Prior do mosteiro, falecido em 1181, e que era sobrinho de S. Teotónio, também foi transferido para esta capela em 1630). Ainda é possível ver os bancos corridos com os respetivos espaldares, onde os frades se sentavam para discutir e tomar decisões importantes. As pinturas que aqui encontramos e adornam a sala, são da autoria dos frades agostinianos. 

Nesta Sala, tal como acontece noutros locais do mosteiro, igualmente se processa um acordo formal entre a cobertura e o lajeado do pavimento, comunicando uma espécie de harmonia cósmica entre o céu e a terra.