El Santuario es una Capilla Relicario con estructura interior elíptica, claramente barroca con decoración rococó, construida para reunir en un solo espacio todas las reliquias que se encontraban esparcidas por el monasterio. La fecha de su construcción es incierta, pero con seguridad fue durante el siglo XVIII. De su estructura destacan las ventanas, la lámpara de araña de cristal amarillo, rojo y verde (siglo XVIII), que complementa la luz natural y acentúa la luminosidad de la composición, el suelo (con alto potencial “ilusionista” para crear ilusión óptica) y el retablo mayor.

Este Santuario contiene reliquias de diversas épocas, integrando las figuras más queridas del ideario del báculo: papas, obispos, apóstoles, mártires y diversos santos.

De las numerosas reliquias encontradas aquí, destacamos las de los Mártires de Marruecos (que llegaron al Monasterio en 1220) y San Teotónio (primer Prior del Monasterio y primer Santo portugués) que se encuentran en el interior de pequeños cofres relicarios decorados con tallas doradas. y colocados, aproximadamente en el medio de la capilla, en los lados izquierdo y derecho, respectivamente.
Todas las piezas encontradas en este Santuario son relicarios, entre ellas 12 pirámides de 4 caras, que representan los 12 meses del año y las 4 semanas de cada mes. En estas pirámides las reliquias se colocaban teniendo en cuenta el mes y la semana de la muerte del santo cuyas reliquias contienen.

Este espacio será probablemente uno de los espacios religiosos más llamativos y con mayor carga simbólica del Monasterio de Santa Cruz, aunque todos los espacios de este monasterio están cargados de simbolismo religioso.