Le Sanctuaire est une chapelle reliquaire avec une structure elliptique à l'intérieur, clairement baroque avec une décoration rococo, construite pour rassembler dans un seul espace toutes les reliques dispersées dans tout le monastère. La date de sa construction est incertaine, mais elle se situe certainement au XVIIIe siècle. De sa structure, les points forts comprennent les fenêtres, le lustre en verre jaune, rouge et vert (XVIIIe siècle), qui complète la lumière naturelle et accentue la luminosité de la composition, le sol (avec un haut potentiel « illusionniste » pour créer une illusion d'optique) et le retable principal.

Ce Sanctuaire renferme des reliques de différentes époques, intégrant les figures les plus chères à l'idéologie Croisier : papes, évêques, apôtres, martyrs et saints divers.

Parmi les nombreuses reliques trouvées ici, nous soulignons celles des martyrs du Maroc (arrivés au monastère en 1220) et de Saint Teotónio (premier prieur du monastère et premier saint portugais) qui se trouvent à l'intérieur des petits coffres reliquaires décorés de sculptures dorées. et placé, à peu près au milieu de la chapelle, respectivement sur les côtés gauche et droit.
Toutes les pièces retrouvées dans ce Sanctuaire sont des reliquaires, dont 12 pyramides à 4 faces, qui représentent les 12 mois de l'année et les 4 semaines de chaque mois. Dans ces pyramides, les reliques étaient placées en tenant compte du mois et de la semaine du décès du saint dont elles contiennent les reliques.

Cet espace sera probablement l'un des espaces religieux les plus marquants et hautement symboliques du monastère de Santa Cruz, même si tous les espaces de ce monastère sont chargés de symbolisme religieux.