Il Santuario è una Cappella delle Reliquie con struttura ellittica all'interno, chiaramente barocca con decorazione rococò, costruita per riunire in un unico spazio tutte le reliquie che erano sparse nel monastero. La data della sua costruzione è incerta, ma sicuramente risale al XVIII secolo. Della sua struttura spiccano le finestre, il lampadario in vetro giallo, rosso e verde (XVIII secolo), che integra la luce naturale e accentua la luminosità della composizione, il pavimento (ad alto potenziale “illusionista” per creare illusioni ottiche) e la pala dell'altare maggiore.

Questo Santuario contiene reliquie di varie epoche, integrando le figure più care all'ideologia del Crosier: papi, vescovi, apostoli, martiri e vari santi.

Tra le numerose reliquie qui rinvenute, segnaliamo quelle dei Martiri del Marocco (arrivati ​​al Monastero nel 1220) e di San Teotónio (primo Priore del Monastero e primo Santo portoghese) che si trovano all'interno di piccoli scrigni reliquiari decorati con intagli dorati e posti, all'incirca al centro della cappella, rispettivamente sui lati sinistro e destro.
Tutti i pezzi rinvenuti in questo Santuario sono reliquiari, tra cui 12 piramidi con 4 facce, che rappresentano i 12 mesi dell'anno e le 4 settimane di ogni mese. In queste piramidi le reliquie venivano collocate tenendo conto del mese e della settimana della morte del santo di cui contengono le reliquie.

Questo spazio sarà probabilmente uno degli spazi religiosi più suggestivi e altamente simbolici del Monastero di Santa Cruz, anche se tutti gli spazi di questo monastero sono carichi di simbolismo religioso.