En el Presbiterio se pone especial énfasis en las composiciones sepulcrales de los dos primeros reyes de Portugal: D. Afonso Henriques en el Evangelio (lado izquierdo del altar) y su hijo D. Sancho I en la Epístola (lado derecho del altar). ).

Las dos tumbas están incluidas en una magnífica obra escultórica del escultor francés Nicolau de Chanterene.

La construcción de las tumbas, donde se encuentran los dos primeros reyes de Portugal, se remonta a 1520, con arquitectura gótica con elementos renacentistas y manuelinos. Fue en esta época cuando el rey D. Manuel I ordenó el traslado de los restos mortales de D. Afonso Henriques y D. Sancho I desde los cofres sepulcrales que se encontraban en el cuerpo central de la Iglesia hasta la Capilla Mayor. El traslado de los restos mortales de los dos reyes se produjo en 1531.

Sobre el Evangelio (lado izquierdo del Altar) se encuentra una tumba con el título de D. Afonso Henriques, fundador del Reino de Portugal. El sepulcro está rodeado de grandes retablos con estatuas de Santos – en la parte central superior podemos ver el Escudo de Portugal sostenido por ángeles y en las hornacinas laterales hay figuras de San Cristóbal y Santa Elena.

En la parte inferior central, abajo está Nuestra Señora de la Asunción, flanqueada por Ángeles y los Evangelistas, San Marcos y San Lucas, en los flancos se encuentran pilastras facetadas decoradas con medallones, nichos y estatuas de los 12 Apóstoles.

Encima del sepulcro se encuentra la Epístola (lado derecho del Altar) con el título de D. Sancho I (segundo Rey de Portugal e hijo de D. Afonso Henriques). Al igual que en la Tumba de D. Afonso Henriques, en la parte superior central hay una escultura del Escudo de Portugal sostenido por ángeles y flanqueado por San Juan Bautista y el Emperador Heráclito o Constantino.

El sepulcro está rodeado de grandes retablos con estatuaria de Santos – en la parte central inferior se encuentran imágenes de Nuestra Señora de la Leche, Santa Catalina y Santa Magdalena y los Evangelistas San Mateo y San Lucas, en los flancos se encuentran. pilastras facetadas decoradas con medallones, nichos y estatuas – de los 4 doctores de la iglesia, las 4 Virtudes Cardinales (Justicia, Fortaleza, Templanza y Prudencia) y también las 3 Virtudes Teologales (Fe, Esperanza y Caridad).

De la profusa decoración de los dos sepulcros cabe destacar los símbolos de D. Manuel I – Esfera Armilar, la Cruz de Cristo y el Símbolo Real – que afirman y refuerzan el carisma del poder real de D. Manuel I.

Cabe destacar también, en esta magnífica capilla mayor, «Los “portales” que conducen a los dos primeros reyes a la mítica esfera de lo sagrado de la mano iluminada del Rey D. Manuel, “iluminado” por la razón que legitima su poder, encontramos un claro paralelo en la obra más paradigmática de su reinado: el Monasterio de los Jerónimos”.