Dans le chœur, un accent particulier est mis sur les compositions funéraires des deux premiers rois du Portugal : D. Afonso Henriques à l'Évangile (côté gauche de l'autel) et son fils D. Sancho I à l'Épître (côté droit de l'autel). ).

Les deux tombeaux font partie d'une magnifique œuvre sculpturale du sculpteur français Nicolau de Chanterene.

La construction des tombeaux, où se trouvent les deux premiers rois du Portugal, remonte à 1520, avec une architecture gothique avec des éléments Renaissance et manuélins. C'est à cette époque que le roi D. Manuel Ier ordonna le transfert des restes mortels de D. Afonso Henriques et de D. Sancho Ier des coffres funéraires situés dans le corps central de l'église vers la chapelle principale. Le transfert de la dépouille mortelle des deux rois eut lieu en 1531.

Sur l'Évangile (côté gauche de l'autel) se trouve un tombeau portant le titre de D. Afonso Henriques, fondateur du Royaume du Portugal. Le tombeau est entouré de grands retables avec des statues de saints – dans la partie centrale supérieure on peut voir le bouclier du Portugal soutenu par des anges et dans les niches latérales se trouvent les figures de saint Christophe et de sainte Hélène.

Dans la partie centrale inférieure, en contrebas se trouve Notre-Dame de l'Assomption, flanquée des Anges et des Évangélistes, Saint-Marc et Saint-Luc, sur les flancs se trouvent des pilastres à facettes décorés de médaillons, de niches et de statues des 12 Apôtres.

L'Épître (côté droit de l'autel) se trouve au sommet du tombeau avec le titre D. Sancho I (deuxième roi du Portugal et fils de D. Afonso Henriques). Comme dans le tombeau de D. Afonso Henriques, dans la partie centrale supérieure se trouve une sculpture du Bouclier du Portugal soutenu par des anges et flanqué de Saint Jean-Baptiste et de l'empereur Héraclite ou Constantin.

Le tombeau est entouré de grands retables avec des statues de saints – dans la partie centrale inférieure se trouvent des images de Notre-Dame du Lait, Sainte Catherine et Sainte Madeleine et les Évangélistes, Saint Matthieu et Saint Luc, sur les flancs. pilastres à facettes ornés de médaillons, niches et statues – des 4 docteurs de l'église, des 4 Vertus Cardinales (Justice, Forteresse, Tempérance et Prudence) et aussi des 3 Vertus Théologiques (Foi, Espérance et Charité).

De la riche décoration des deux tombeaux, il convient de souligner les symboles de D. Manuel I – la Sphère Armillaire, la Croix du Christ et le Symbole Royal – qui affirment et renforcent le charisme du pouvoir royal de D. Manuel I.

Il convient également de souligner, dans ce magnifique chœur, « Les « portails » qui conduisent les deux premiers rois à la sphère mythique du sacré par la main éclairée du roi D. Manuel, « éclairé » par la raison qui légitime son pouvoir, trouver un parallèle clair dans l’œuvre la plus paradigmatique de son règne : le monastère des Hiéronymites.