Nel presbiterio, particolare enfasi è posta sulle composizioni tombali dei primi due re del Portogallo: D. Afonso Henriques al Vangelo (lato sinistro dell'altare) e suo figlio D. Sancho I all'Epistola (lato destro dell'altare) ).

Le due tombe sono incluse in una magnifica opera scultorea dello scultore francese Nicolau de Chanterene.

La costruzione delle tombe, dove si trovano i primi due re del Portogallo, risale al 1520, con architettura gotica con elementi rinascimentali e manuelini. Fu in questo periodo che il re D. Manuel I ordinò il trasferimento dei resti mortali di D. Afonso Henriques e D. Sancho I dalle casse tombali che si trovavano nel corpo centrale della Chiesa alla Cappella Maggiore. La traslazione delle spoglie mortali dei due re avvenne nel 1531.

Sul Vangelo (lato sinistro dell'altare) si trova una tomba con il titolo di D. Afonso Henriques, il fondatore del Regno del Portogallo. La tomba è circondata da grandi pale d'altare con statue di Santi: nella parte centrale superiore possiamo vedere lo Scudo del Portogallo sorretto da angeli e nelle nicchie laterali ci sono le figure di San Cristoforo e Sant'Elena.

Nella parte centrale inferiore, in basso è raffigurata l'Assunta, affiancata dagli Angeli e dagli Evangelisti, San Marco e San Luca, sui fianchi lesene sfaccettate decorate con medaglioni, nicchie e statue dei 12 Apostoli.

L'Epistola (lato destro dell'altare) si trova in cima alla tomba con il titolo D. Sancho I (secondo re del Portogallo e figlio di D. Afonso Henriques). Come nella Tomba di D. Afonso Henriques, nella parte centrale superiore è presente la scultura dello Scudo del Portogallo sorretto da angeli e fiancheggiato da San Giovanni Battista e dall'imperatore Eraclito o Costantino.

La tomba è circondata da grandi pale d'altare con statue di Santi: nella parte centrale inferiore si trovano le immagini della Madonna del Latte, Santa Caterina e Santa Maddalena e gli Evangelisti, S. Matteo e S. Luca, sui fianchi si trovano. lesene sfaccettate decorate con medaglioni, nicchie e statue – dei 4 dottori della chiesa, delle 4 Virtù Cardinali (Giustizia, Fortezza, Temperanza e Prudenza) ed anche delle 3 Virtù Teologali (Fede, Speranza e Carità).

Dalla profusa decorazione delle due tombe, sono da evidenziare i simboli di D. Manuel I – la Sfera Armillare, la Croce di Cristo e il Simbolo Reale – che affermano e rafforzano il carisma del potere reale di D. Manuel I.

Vale anche la pena evidenziare, in questo magnifico coro, «I “portali” che conducono i primi due re alla mitica sfera del sacro per mano illuminata del re D. Manuel, “illuminato” dalla ragione che legittima il suo potere, trovano un chiaro parallelo nell’opera più paradigmatica del suo regno: il Monastero dei Jerónimos”.