Na Capela-mor têm especial relevo as composições tumulares dos dois primeiros reis de Portugal: D. Afonso Henriques ao Evangelho (lado esquerdo do altar) e o seu filho D. Sancho I à Epístola (lado direito do altar).

Os dois túmulos estão inseridos numa magnífica obra escultórica da autoria do escultor de origem francesa Nicolau de Chanterene.

A construção dos túmulos, onde se encontram os dois primeiros reis de Portugal, data de 1520, sendo de arquitetura gótica com elementos renascentistas e também manuelinos. Foi por esta altura que o Rei D. Manuel I ordenou a trasladação dos restos mortais de D. Afonso Henriques e de D. Sancho I das arcas tumulares que se encontravam no corpo central da Igreja para a Capela-mor. A transferência dos restos mortais dos dois reis acorreu em 1531.

Ao Evangelho (lado esquerdo do Altar) encontra-se com jacente sobre túmulo epigrafado D. Afonso Henriques, o fundador do Reino de Portugal. O túmulo encontra-se envolvido por grandes retábulos com estatuária de Santos – na parte central superior podemos observar o Escudo de Portugal amparado por anjos e nos nichos laterais encontram-se as figuras de São Cristóvão e Santa Helena.

Na parte central inferior, sob encontra-se a Nossa Senhora da Assunção, ladeada por Anjos e pelos Evangelistas, S. Marcos e S. Lucas, nos flancos encontram-se pilastras facetadas decoradas com medalhões, nichos e estátuas dos 12 Apóstolos.

À Epístola (lado direito do Altar) encontra-se com jacente sobre túmulo epigrafado D. Sancho I (segundo Rei de Portugal e filho de D. Afonso Henriques).  Tal como no Túmulo de D. Afonso Henriques, na parte central superior encontra-se esculpido o Escudo de Portugal amparado por anjos e ladeado por São João Batista e do Imperador Heráclito ou Constantino.

O túmulo encontra-se envolvido por grandes retábulos com estatuária de Santos – na parte central inferior encontram-se as imagens da Nossa Senhora do Leite, Santa Catarina e Santa Madalena e dos Evangelistas, S. Mateus e S. Lucas, nos flancos encontram-se pilastras facetadas e decoradas com medalhões, nichos e estátuas – dos 4 doutores da igreja, das 4 Virtudes Cardeais (Justiça, Fortaleza, Temperança e Prudência) e ainda das 3 Virtudes Teologais (Fé, Esperança e Caridade).

Da profusa decoração dos dois túmulos há que destacar os símbolos de D. Manuel I – Esfera Armilar, a Cruz de Cristo e o Símbolo Régio – que afirmam e reforçam o carisma do poder real de D. Manuel I.

Há ainda que destacar, nesta magnífica Capela-mor, «Os “portais” que conduzem os dois primeiros reis à esfera mítica do sagrado pela mão esclarecida do rei D. Manuel, “iluminado” pela razão que legitima o seu poder, encontram nítido paralelo na obra mais paradigmática do seu reinado: o Mosteiro dos Jerónimos.»